Wo heute die Aussenwachten Schwendi, Dettenried, Neschwil, Lendikon und Theilingen die Gegend um den Gemeindehauptort Weisslingen zieren, lebten schon in prähistorischer Zeit erste Siedler. Vermutete Aschengräber aus der Hallstattzeit um 800 v. Chr. im "Eichholz" (südöstlich vom Hof "Moos") und im "Langenloo" (an der Gemeindegrenze gegen Agasul) erinnern daran. Seither erfreute sich Weisslingen als Wohnort offenbar zeitloser Beliebtheit. So fanden sich 1848 beim Bau des Schulhauses "Burg" Schmuckstücke aus der La-Tène-Zeit (500 bis 58 v. Chr.) und alemannische Grabstätten aus dem 5. und 6. Jahrhundert n. Chr.

Noch vor den Alemannen tummelten sich die Römer in der reizvollen Landschaft. Im Zihlacker" (westlich von Weisslingen) wurde eine römische Siedlung nachgewiesen, aber nie ausgegraben. Römische Münzen und Messer entdeckte man oberhalb des "Schürhofes". Vermutlich führte sogar eine römische Strasse von Irgenhausen über Russikon, "Moos", Lendikon, "Lindenberg" und Dettenried nach Oberwinterthur.

Am 10. September 745 werden Weisslingen und Theilingen erstmals urkundlich erwähnt, als Landbert aus der bekannten Landolt-Beata-Sippe Güter nach Hwisinwan (Weisslingen) und in Tekilinwanc (Theilingen) verschenkte. Otger übertrug seinen ererbten Besitz in Wizinwanc (Weisslingen) und in Techilinwanc (Theilingen) am 22. Dezember 764 dem Kloster St. Gallen. In der glei­chen Urkunde wird eine molino (Mühle) zu Weisslingen erwähnt, die damit als älteste im Kanton Zürich bezeugte Mühle gilt.

Um 1000 dürfte die "Weitherburg" in Weisslingen gebaut worden sein, denn 1044 tauchen mit den Brüdern Herthart und Folkerat die Freiherren von Wizenach (Weisslingen) in schriftlichen Zeugnissen auf. Nach dem Aussterben des Edelgeschlechtes im 13. Jahrhundert sassen die Herren von Hettlingen auf der Burg, die im 16. Jahrhundert schliesslich unbewohnt zerfiel. Ab 1218 stand Weisslingen unter kyburgischer und später und habsburgischer Herrschaft. 1377 pfändete Johann von Bonstetten und 1384 die Grafen von Toggenburg das Gebiet. Von 1452 bis zum Niedergang der alten Eidgenossenschaft im Jahr 1798 hatte die Stadt Zürich das Sagen.

1130 wird erstmals eine Kirche in Weisslingen urkundlich bezeugt, doch existierte unter der Herrschaft des Klosters St. Gallen vermutlich schon im 9. und 10. Jahrhundert eine Kapelle oder Kirche. 1490 bis 1510 entstand die spätgotische Kirche, die mit ihrem markanten Chorturm bis heute das Dorf überragt. Der Ulmer Tischmacher Peter Kälin schuf 1509 die geschnitzte Holzdecke des Kirchenschiffes. Die ebenfalls mit Schnitzereien verzierte Kanzel von Tischmacher Ulrich Temperli schmückte das Gotteshaus seit 1687.